Costruita tra il 1499 e il 1515 a ridosso della porta meridionale della città, la chiesa serviva l’omonimo convento dei frati minori osservanti, soppresso nel 1848. L’architettura a una sola navata, tipica delle aule francescane, è divisa da un ampio tramezzo affrescato con la Crocifissione di Bernardino Luini (1529), capolavoro dell’arte rinascimentale nella Svizzera italiana. Di Luini è pure l’Ultima cena, già nel refettorio del convento, appesa alla parete di sinistra. Le cappelle gentilizie e la zona del presbiterio presentano invece opere attribuite ad artisti minori (il Codolo, Bartolomeo da Ponte Tresa).